公司始建于1934年，迄今已有八十多年的制药历史。其前身广西制药厂是民国期间广西省政府在梧州市开办的官办制药厂，也是广西较早的一家生产和销售中成药、化药以及原料药的制药企业，后又搬迁到南宁市，更名为南宁制药厂。

1991年1月，南宁制药厂、南宁制药二厂、南宁中药厂及南宁建筑装饰材料厂等四家企业合并重组为广西壮族自治区南宁制药企业集团公司，为国有大型二类企业；

2000年9月，公司改制更名为广西南宁百会药业集团有限公司；

2014年5月，“百会药业”由广西丰业投资有限公司全资控股经营。